Η Μπορούσια ιδρύθηκε στις 19 Δεκεμβρίου 1909 στην μπυραρία Zum Wildschütz (Για Λαθροθήρες) του Ντόρτμουντ από μία παρέα 17 νεαρών ποδοσφαιριστών, οι οποίοι προηγουμένως αγωνίζονταν στην ομάδα της ενορίας τους υπό την καθοδήγηση ενός αυταρχικού και ασυμπάθιστου ιερέα και ήθελαν να απεξαρτηθούν από την επιρροή του.Ο πατήρ Ντέβαλντ προσπάθησε να εισέλθει στην μπυραρία και να διαλύσει την ιδρυτική συνέλευση, αλλά δεν τα κατάφερε.
Οι συγκεντρωμένοι νεαροί ποδοσφαιριστές αποφάσισαν να ονομάσουν τη νέα ομάδα Μπορούσια (Borussia), που ήταν η ονομασία μιας γειτονικής ζυθοποιίας. Μπορούσια είναι και η λατινική ονομασία της Πρωσίας, του γερμανικού βασιλείου, που συνέβαλε καθοριστικά στην ενοποίηση της Γερμανίας το 1871 και στο οποίο υπαγόταν η πόλη του Ντόρτμουντ. Ως χρώματα της ομάδας ορίστηκαν το κυανόλευκο για τις φανέλες και το μαύρο για το σορτσάκι. Από το 1913 οι ομάδα είναι ντυμένη στα κιτρινόμαυρα, χρώματα που διατηρεί μέχρι σήμερα. Τα παρατσούκλια που την ακολουθούν από τότε είναι «Οι Πρώσοι» (Die Borussen) και οι «Κιτρινόμαυροι» (Die Schwarzgelben).
Η Μπορούσια μέχρι τις αρχές της δεκαετίας του ’50 βρισκόταν στην αφάνεια, παίζοντας στα τοπικά πρωταθλήματα. Κατά τη διάρκεια του Τρίτου Ράιχ, ο πρόεδρός της αρνήθηκε να ενταχθεί στο Ναζιστικό Κόμμα και αντικαταστάθηκε, ενώ πολλά μέλη εκτελέστηκαν, καθώς χρησιμοποιούσαν τα γραφεία της ομάδος για να τυπώσουν αντιναζιστικά φυλλάδια. Μετά το τέλος του πολέμου, η Μπορούσια διαλύθηκε από τους Συμμάχους για να επανασυσταθεί το 1947.
Από τότε χρονολογείται και η ανοδική της πορεία, που την έφερε στην κορυφή του γερμανικού και του παγκόσμιου ποδοσφαίρου τη δεκαετία του ’90. Το 1956 κατέκτησε τον πρώτο της εγχώριο τίτλο, το πρωτάθλημα της Δυτικής Γερμανίας. Ακολούθησε ένα δεύτερο τον επόμενο χρόνο, με πρωταγωνιστές και πάλι τους «Τρεις Αλφρέδους» της ομάδας (Άλφρεντ Πράισλερ, Άλφρεντ Κέλμπασα, Άλφρεντ Νίπικλο), οι οποίοι έχουν μυθοποιηθεί από τους οπαδούς της ομάδας.
Το 1962, η Μπορούσια ήταν από τα ιδρυτικά μέλη της Μπουντεσλίγκα, του ενιαίου πρωταθλήματος της Δυτικής Γερμανίας και ήταν η πρώτη ομάδα που το κατέκτησε το 1963. Ακολούθησε ένα κύπελλο Γερμανίας το 1965 κι ένα ευρωπαϊκό (Κύπελλο Κυπελλούχων) το 1966. Τη δεκαετία του ’70 αντιμετώπισε σοβαρά οικονομικά προβλήματα και υποβιβάστηκε στη Β’ Κατηγορία το 1972. Επανήλθε στα μεγάλα σαλόνια το 1976, οπότε την ανέλαβε για δύο χρόνια ο Ότο Ρεχάγκελ, χωρίς επιτυχία. Τα προβλήματα την ακολούθησαν και τη δεκαετία του ’80, αλλά το 1989 φάνηκε φως στο τούνελ με την κατάκτηση του Κυπέλλου Γερμανίας και του Σούπερ Καπ.
Η εξαετία 1991-1997 υπήρξε η χρυσή περίοδος της Ντόρτμουντ. Με προπονητή τον Ότμαρ Χίτζφελντ και σπουδαίους παίκτες (Μίκαελ Τσορκ, Στεφάν Σαπουιζά, Αντρέας Μέλερ, Ματίας Ζάμερ κ.ά.), κατέκτησε δύο πρωταθλήματα Γερμανίας, ένα Τσάμπιονς Λιγκ και έφθασε μία φορά στον τελικό του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ (1993), όπου ηττήθηκε από τη Γιουβέντους.
Το 2000 έγινε η πρώτη και μοναδική ομάδα της Γερμανίας που η μετοχή της διαπραγματεύεται στο χρηματιστήριο. Το 2002, με προπονητή τον παλαιό παίκτη της Ματίας Ζάμερ κατέκτησε το έκτο της πρωτάθλημα Γερμανίας, έφθασε στον τελικό του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ, αλλά στη συνέχεια αντιμετώπισε και πάλι οικονομικά προβλήματα. Για να ξεχρεώσει πούλησε το γήπεδό της, τοΒεστφάλενστάντιον (το μεγαλύτερο της Γερμανίας με 80.720 θέσεις) και έλαβε δάνειο 2 εκατομμυρίων ευρώ από τη μισητή της Μπάγερν Μονάχου (!), το οποίο ξεχρέωσε και με το παραπάνω.
Από το 2008 η Μπορούσια βρίσκεται και πάλι στον δρόμο των επιτυχιών, μετά την ανάληψη της τεχνικής της ηγεσίας από τον Γιούργκεν Κλοπ και συνεχίζει να διαπρέπει έχοντας πλέον στο τιμόνι τον Τόμας Τούχελ.
Η μεγάλη της αντίπαλος είναι γειτονική Σάλκε του Γκελζεκίρχεν. Το «ντέρμπι του Ρουρ» είναι από τις μεγάλες ποδοσφαιρικές στιγμές της Γερμανίας κάθε χρόνο. Αντιπαλότητα έχει και με την Μπάγερν (όπως και κάθε άλλη γερμανική ομάδα), που ρίχνει βαριά τη σκιά της στο γερμανικό ποδόσφαιρο.
Τίτλοι
Πρωταθλήματα Γερμανίας (8): 1956, 1957, 1963, 1995, 1996, 2002, 2011, 2012.
Κύπελλα Γερμανίας (3): 1965, 1989, 2012.
- Τσάμπιονς Λιγκ (1): 1997.
- Κύπελλο Κυπελλούχων (1): 1966.
- Διηπειρωτικό Κύπελλο (1): 1997
