Το καλοκαίρι του 2016 ο Μάρκο Σίλβα αποχώρησε από τον Ολυμπιακό, μετά από μία μάλλον πετυχημένη θητεία. Ουδέποτε υπήρξε αναφορά στους λόγους που οδήγησαν στο… διαζύγιο, με τον Πορτογάλο τεχνικό, σε δηλώσεις του, για πρώτη φορά μετά από δύο χρόνια, να αναφέρεται σε εκείνη την εξέλιξη.
«Έφυγα με δική μου πρωτοβουλία. Έχω τρομερή σχέση με τον ιδιοικτήτη του συλλόγου, Βαγγέλη Μαρινάκη. Κι έχω μία εξαιρετική σχέση με τον τεχνικό διευθυντή, Γιάννη Βρέντζο. Κι είμαι απόλυτα βέβαιος πως όταν γυρίσω στην Αθήνα, που δυστυχώς δεν το έχω κάνει, θα τύχω μίας εξαιρετικής υποδοχής. Γιατί οι σχέσεις μας είναι πάρα πολύ καλές. Η ομάδα ήταν πολύ καλή, έσπασε όλα τα ρεκόρ του συλλόγου μαζί μου (28 νίκες σε 30 αγώνες). Όταν πήρα την απόφαση να φύγω το έκανα για οικογενειακούς λόγους. Και επίσης για λόγους καριέρας. Αποφάσισα να αποχωρήσω. Αν δεν ερχόταν εκείνη τη στιγμή, θα ήμουν προπονητής στον Ολυμπιακό για τουλάχιστον ακόμη έναν χρόνο – ήταν το συμβόλαιο που είχα για ακόμη ένα χρόνο. Ήταν δική μου απόφαση», δήλωσε στην εφημερίδα Record.