Εκτός από μία από τις σπουδαιότερες νίκες της ιστορίας τους (δείτε εδώ), σαν σήμερα ο ΠΑΟΚ σημείωσε δύο ακόμη σημαντικά αποτελέσματα σε ευρωπαϊκές διοργανώσεις.
Στις 16η Σεπτεμβρίου 1997, στην Τούμπα, επικράτησε της Άρσεναλ με 1-0 με γκολ του Φρατζέσκου και λίγες ημέρες αργότερα μετά με το 1-1 στο Χάιμπουρι, απέκλεισε την αγγλική ομάδα, στη δεύτερη φάση του Κυπέλλου UEFA.
Δύο χρόνια αργότερα, ο ΠΑΟΚ σημείωσε τη μεγαλύτερη σε έκταση νίκη ελληνικής ομάδας στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις, διαλύοντας εκτός έδρας την Λοκομοτίβ Τιφλίδας με 0-7, για τον α’ γύρο του Κυπέλλου UEFA, της περιόδου 1999-2000.