Ο Ηρακλής συμπληρώνει σήμερα 111 χρόνια από την ίδρυση του. Η ιστορία του, βέβαια, ξεκινά από το 1899, όταν ιδρύθηκε ο όμιλος Φιλόμουσων. Ο όμιλος δεν ήταν αθλητικός σύλλογος, αλλά ένα σωματείο γραμμάτων και μουσικής. Το 1903, τα μέλη του ομίλου αποφάσισαν να εντάξουν στις δραστηριότητες τους τον αθλητισμό.
Δημιούργησαν ένα γυμναστήριο και ίδρυσαν τμήματα κολύμβησης και ποδηλασίας. Ωστόσο, ήταν το ποδόσφαιρο, ένα νέο άθλημα εκείνης της εποχής που «έκλεψε τις καρδιές» των αθλητών. Το πρώτο επίσημο παιχνίδι διεξήχθη στις 23 Απριλίου του 1905, αλλά στη συνέχεια ο σύλλογος άρχισε να αντιμετωπίζει οικονομικά προβλήματα.
Τρία χρόνια αργότερα, το 1908, ημερομηνία-ορόσημο για τον Ηρακλή, όλα άλλαξαν. Ο σύλλογος συνεργάστηκε με την ομάδα «Ολύμπια» και η συνένωση των δυνάμεων τους είχε ως αποτέλεσμα τη γέννηση του Ηρακλή. Ολόκληρη η ονομασία του ήταν τότε: «Οθωμανικός Ελληνικός Σύλλογος Θεσσαλονίκης «Ο Ηρακλής».
Το τμήμα ποδοσφαίρου ήταν το πρώτο που δημιουργήθηκε. Οι πρώτες επιτυχίες δεν άργησαν να έρθουν. Στις 29 Νοεμβρίου 1908, κατά τη Γενική Συνέλευση των μελών, καταρτίσθηκε το πρώτο καταστατικό του Ηρακλή αποτελούμενο από 36 άρθρα. Πρώτος Πρόεδρος στην ιστορία του Ηρακλή ήταν ο ιατρός Α. Μάλτος.
Οι τίτλοι του Ηρακλή
Ποδόσφαιρο
1 Κύπελο(1976)
1 Βαλκανικό Κύπελο(1985)
Μπάσκετ Αντρών
2 Πρωταθλήματα (1928-1935)
Μπάσκετ Γυναικών
3 Πρωταθλήματα (1968-1971-1972)
Βόλεϊ
5 Πρωταθλήματα (2002-2005-2007-2008-2012)
6 Κύπελλα (2000-2002-2004-2005-2006-2012)
4 Σούπερ Καπ (2004-2005-2007-2008)
Στίβος
7 Διασυλλογικά Πρωταθλήματα (1955-1969-1973-1975-1976-1979-1986)
8 Πρωταθλήματα Αντρών Ανοιχτού στίβου (1955-1973-1975-1976-1979-1984-1985-1986)
1 Πρωτάθλημα Γυναικών Ανοιχτού Στίβου(1991)
1 Πρωτάθλημα Στίβου Αντρών Μαραθωνίου(1927)
3 Πρωταθλήματα Στίβου Γυναικών Μαραθωνίου(1990-1991-2006)
4 Πρωταθλήματα Ανωμάλου Δρόμου Αντρών(1949-1962-1969-1988)
2 Πρωταθλήματα Ανωμάλου Δρόμου Γυναικών (2006-2009)
Πάλη
17 Πρωτάθλημα Αντρών (1969-1972-1975-1980-1987-1991-1992- 2001-2002-2003-2004-2005-2006-2007-2008-2009-2010-2011)
7 Πρωταθλήματα (1979-1980-1981-1982-1983-1984-1985)
Ξιφασκία
1 Κύπελο Γυναικών(1982)
1 Πρωτάθλημα Αντρών(1983)
Ποδηλασία
1 Πρωτάθλημα Ποδηλασίας Δρόμου(1976)
