Εκτός από τις κινήσεις ενίσχυσης της ομάδας ενόψει της επιστροφής στη Super League, στον Ηρακλή αποφάσισαν από την αρχή του καλοκαιριού να δώσουν μεγάλη βαρύτητα και στις ακαδημίες του συλλόγου.
Πέρα από τη λειτουργία της ομάδας Κ20, κρίθηκε σημαντικό να λειτουργήσουν σε υψηλό επίπεδο και οι ομάδες Κ17 και Κ15, στα ανταγωνιστικά πρωταθλήματα υποδομής της Super League, όπου θα συμμετέχουν.
Ένας από τους πιο ταλαντούχους παίκτες της χώρας στην ηλικία του, ο 16χρονος Βασίλης Πέλκας (ξάδελφος του Δημήτρη Πέλκα του ΠΑΟΚ), αποκτήθηκε από την Αναγέννηση Γιαννιτσών και θα αγωνίζεται στην Κ17 του Ηρακλή. Οι κυανόλευκοι απέκτησαν επίσης τον 17χρονο μεσοεπιθετικό Γιώργο Καφτηράνη που αγωνιζόταν στον Άγιαξ Σύρου και τον 19χρονο φορ Γιώργο Καρακούτη από τον Πανσερραϊκό.
Τέλος, μετά από πολλές δοκιμές, οι άνθρωποι των ακαδημιών του Ηρακλή κατέληξαν σε τρεις τερματοφύλακες για να στελεχώσουν την Κ20: 1) Ζαχαριάδης Φίλιππος, 18 ετών, ομάδες που αγωνίστηκε (ΠΑΟΚ-ΜΠΕΜΠΗΔΕΣ-ΑΓΡΟΤΙΚΟΣ ΑΣΤΕΡΑΣ-VITESSE-ΕΘΝΙΚΗ ΠΑΙΔΩΝ) 2) Δεληχατζής Νικόλαος, 18 ετών, ομάδες που αγωνίστηκε (ΑΚ.ΓΙΑΝΝΙΤΣΩΝ-ΛΕΒΑΔΕΙΑΚΟΣ) 3) Τοπαλίδης Ιωάννης, 17 ετών, ομάδα που αγωνίστηκε (ΑΕ ΦΙΛΥΡΟΥ).
Βασικός στόχος του Ηρακλή είναι να καταφέρει να τροφοδοτήσει την πρώτη ομάδα με ταλαντούχους ποδοσφαιριστές οι οποίοι θα προέρχονται από τις ακαδημίες του. Κάτι που έγινε άλλωστε πρόσφατα, με τον 18χρονο αμυντικό, Παναγιώτη Αβραμίδη, να υπογράφει το πρώτο του επαγγελματικό συμβόλαιο, έχοντας ακολουθήσει την προετοιμασία της πρώτης ομάδας στο Καρπενήσι.