Το πάνω χέρι έχει ο ΠΑΟΚ στις αναμετρήσεις με τον Πανιώνιο για το Κύπελλο μετρώντας 9 νίκες σε 17 αναμετρήσεις που έχουν τεθεί αντίπαλοι.
Αναλυτικά, όλα τα παιχνίδια των δυο ομάδων για το κύπελλο Ελλάδος:
1/5/55 Προημιτελικά Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 2-4
14/6/70 Προημιτελικά ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 1-0
30/4/75 Προημιτελικά ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 1-0
31/3/82 Προημιτελικά (1ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 1-0
28/4/82 Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 2-1 (2ος αγώνας)
21/1/87 2ος γύρος (1ος αγώνας) Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 3-0
4/2/87 2ος γύρος (2ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 1-0 (
1/2/89 Προημιτελικά (1ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 2-0
15/2/89 Προημιτελικά (2ος αγώνας) Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 3-0 στην παράταση
2/10/96 Φάση «32» (1ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 4-0
14/11/96 Φάση «32» (2ος αγώνας) Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 2-3
4/3/98 Ημιτελικά (1ος αγώνας) Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 1-0
18/3/98 Ημιτελικά (2ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 1-1
28/2/18 Προημιτελικά (1ος αγώνας) Πανιώνιος – ΠΑΟΚ 1-3
17/4/18 Προημιτελικά (2ος αγώνας) ΠΑΟΚ – Πανιώνιος 3-1
