Παράλληλα με την κλήρωση του πρωταθλήματος της Γ’ Εθνικής έγινε και η κλήρωση του κυπέλλου της κατηγορίας, θεσμός που πρωτοεμφανίστηκε πέρσι.
Αντίπαλος του Αρη στην πρώτη φάση της διοργάνωσης αυτής είναι η Θύελλα Φιλώτα, παιχνίδι νοκ άουτ, που θα γίνει στη Φλώρινα. Σε περίπτωση που προκριθεί θα αντιμετωπίσει το νικητή του ζευγαριού Καστοριά – Έβρος Σουφλίου στο «Κλεάνθης Βικελίδης».
Τα ζευγάρια της 1ης αγωνιστικής της Α’ φάσης του κυπέλλου Γ’ Εθνικής στον Α’ όμιλο (28/9)
Αναγέννηση Γιαννιτσών – Βυζάντιο Κοκκινοχώματος
Εθνικός Αγιονερίου – Καμπανιακός
Καστοριά – Έβρος Σουφλίου
Καβάλα – Απόλλων Αρναίας
Θύελλα Φιλώτα – Άρης Θεσσαλονίκης
Άρης Ακροποτάμου – Δόξα Δράμας
Εθνικός Αλεξανδρούπολης – Άρης Ακροποτάμου
Δόξα Δράμας – Ηρακλής Αμπελοκήπων
Ορφέας Ελευθερούπολης – Πανσερραϊκός
Τα ζευγάρια της 2ης αγωνιστικής της Α’ φάσης για τον Α’ όμιλο:
Εθνικός Αγιονερίου – Καμπανιακός / Αναγέννηση Γιαννιτσών – Βυζάντιο Κοκκινοχώματος
Εθνικός Αλεξανδρούπολης – Άρης Ακροποτάμου / Καβάλα – Απόλλων Αρναίας
Ορφέας Ελευθερούπολης – Πανσερραϊκός / Δόξα Δράμας – Ηρακλής Αμπελοκήπων
Θύελλα Φιλώτα – Άρης Θεσσαλονίκης / Καστοριά – Έβρος Σουφλίου
